(1)目标不确定性较大(项目指标不易量化)，难以确定评审标准的项目;(2)涉及国家安全和国家秘密的项目;(3)只有两家以下(含两家)潜在投标人可供选择的项目。《科技项目招投标管理暂行办法》规定，对于部分政府财政拨款投入为主的技术研究开发、技术转让推广和技术咨询服务等目标内容明确、有明确的完成时限、能够确定评审标准、且不涉及国家安全和国家秘密的项目，应当实行招标。
项目选择应符合下列原则：(1)选择的项目符合财政科技经费支持的方向和重点;(2)选择的项目应属于经济或社会发展中带有普遍意义的关键技术、共性技术、前导技术研究和攻关等。对企业专有技术的研究不宜作为招标项目;(3)项目目标内容明确，有明确的完成时限、能够确定评审标准;(4)有一定数量的具备承担项目能力的单位，能够引起有效的投标竞争，即至少有3家以上单位参与投标竞争。
科技项目招标是否需要标底《中华人民共和国招标投标法》对招投标项目是否必须设标底没有提出明确要求，第十四条规定“设有标底的，应当参考标底”。正在制订的《江苏省招标投标管理条例》规定“招标人可以根据项目特点决定是否编制标底。编制标底的，标底编制过程和标底必须保密。
鼓励采用工程量清单招标和无标底招标”。由于科技项目具有一定的不确定性，因而一般都不编制标底。科技项目招标投标有哪些特殊性根据《中华人民共和国招标投标法》，依法必须进行招标投标的是工程建设项目。从招标的法定条件看，科技项目招标属于自愿招标，而不属于法定强制招标，但只要采用招标方式，就要合法。
总的说，科技项目招标有以下的特殊性：(1)科研开发富有探索性、创新性，存在较大的风险。为了降低风险，科技部《科技项目招标投标管理暂行办法》规定可以采用分段招标，第一阶段招标主要是取得各投标人对招标课题的技术经济指标、技术方案和标底的建议，以便完善招标文件，第二阶段是最终确定中标人;(2)科技项目具有一定的不确定性。
由于研究深度不同，其所需经费也不一样，因此投标人的最低报价不能作为中标的唯一理由，需要综合分析技术路线的可行性、先进性和承担单位的研发条件、人员素质、资信等级、管理能力、经费预算的合理性等诸多因素。
有下列条件之一的科技项目可不招标：目标不确定性较大（项目指标不易量化），难以确定评审标准；涉及国家安全和国家秘密；只有两家以下（含两家）潜在投标人可供选择；没有引起有效竞争或对招标文件未做实质性响应，或发生其他情形而导致废除所有投标；法律法规规定的其他情况。
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